Durante la administración en el periodo 2012 - 2016, se ampliaron las funciones de la Secretaría de Producción Animal, creando la Secretaría de Medicina, Zootecnia y Extensionismo, la cual estaba constituida a su vez por tres áreas, correspondientes a los ejes que fundamentaban su actividad: el Departamento de Medicina, el Departamento de Zootecnia y el Departamento de Extensionismo.
En lo referente al Departamento de Medicina, en primera instancia a cargo de la Dra. Luz Gabriela López Navarro, las labores de esta jefatura se centraban en coordinar lo referente a temas de Bioseguridad, Centros de Enseñanza, Investigación y Extensión (CEIE), Hospitales y el control de medicamentos y bitácoras. En lo sucesivo, una vez bajo el liderazgo del Dr. Víctor Manuel Martínez Torres, se comenzó con la labor de estructurar la actividad médica de los CEIE, principalmente con el registro de consultas en formato digital. Finalmente, durante la administración siguiente (2016 - 2020), se creó la Secretaría de Medicina (SM), designando al MVZ MSc Alejandro Rodríguez Monterde como su primer titular.Conformar y coordinar el grupo de trabajo de responsables médicos de los hospitales, unidades móviles, los CEIE y Programas Especiales; para proponer las actividades necesarias que fortalezcan las áreas clínica, de bioseguridad, bioética y extensión, con base en el plan de Desarrollo de la Facultad.
Coadyuvar en el proceso de enseñanza aprendizaje en el área médica, integrando bases de datos para desarrollar casos de estudio a partir de la información generada en los Hospitales, Unidades Móviles, CEIE y Proyectos Especiales; en los aspectos de salud, bioseguridad, bioética y extensión.
Contribuir en la Recertificación de la FMVZ y obtención de nuevas Certificaciones, ante Organismos nacionales y extranjeros.
Asesorar y supervisar el cumplimiento de la normatividad relativa al área de medicina en los Hospitales, los CEIE, Unidades Móviles, Almacén Farmacéutico y Proyectos Especiales.