La Secretaría de Medicina trabaja en colaboración con los responsables de los distintos Departamentos, Hospitales, Clínicas y Centros de Enseñanza, así como con los integrantes del Comité Interno de Bioseguridad de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la Universidad Nacional Autónoma de México, para la creación y el desarrollo de Manuales de Bioseguridad que deberán ser empleados por todo el personal que desempeñe cualquier tipo de actividad dentro de las instalaciones en las que se trabaje con riesgo biológico, con el fin de realizar el manejo apropiado.
Particularmente, el diseño de los Manuales de Bioseguridad de la Red de Hospitales y Clínicas Veterinarias, así como de los Centros de Enseñanza, se ha instaurado de acuerdo con funciones de enseñanza, investigación y extensión, con el propósito de minimizar los riesgos sanitarios en los pacientes, estableciendo los mecanismos de bioseguridad que deben seguir docentes, empleados, estudiantes y visitantes de cada sitio, para disminuir la propagación de enfermedades, tanto de importancia en salud animal como las que pudieran impactar en la salud pública (enfermedades de carácter zoonótico), además de reducir la contaminación al ecosistema.
Los manuales con los que se cuenta son:
| CEIE |
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| Centro de Enseñanza, Investigación y Extensión en Ganadería Tropical |
| Centro de Enseñanza, Investigación y Extensión en Producción Animal en Altiplano |
| Centro de Enseñanza, Investigación y Extensión en Producción Avícola |
| Centro de Enseñanza, Investigación y Extensión en Producción Agro Silvo Pastoril |
| Centro de Enseñanza, Investigación y Extensión en Producción Ovina |
| Centro de Enseñanza, Investigación y Extensión en Producción Porcina |
| Centro de Enseñanza Práctica e Investigación en Producción y Salud Animal |
| Red de Hospitales y Clínicas Veterinarias |
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| Hospital Veterinario de Especialidades - UNAM |
| Hospital de Aves de Ornato, Compañía y Silvestres |
| Hospital para Équidos |
| Hospital Veterinario de Especialidades en Fauna Silvestre y Etología Clínica |
| Clínica de Reproducción Canina |
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