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Hacia finales de la década de los noventas se vislumbraba una urgente necesidad de hallar una nueva ubicación para dos de los Centros de Enseñanza, Investigación y Extensión (CEIE) con que contaba la FMVZ; el de Producción Bovina y Caprina (CEIEPBC-Tepotzotlán) y el de Producción Agrícola y Ganadera (CEIEPAG-Chalco), dado que habían quedado inmersos geográficamente hablando dentro de un contexto absolutamente urbano, con las fuertes restricciones que ello implicaba al tener predios prácticamente ya en la ciudad, con la adicionada problemática del agotamiento de los pozos que suministraban agua a los mismos, y haber perdido un contexto pecuario regional.

Así entonces, en 1999 se obtuvo la cesión por parte de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público de un nuevo predio para la FMVZ con la Exhacienda de Santillán (predios La Pera y El Abono), en Tequisquiapan, Qro. Posteriormente en el 2001 se obtuvo la adquisición de dos predios contiguos a dicha propiedad mediante la compra del Rancho Valle San Juan y Rancho Cerro Partido, con lo cual la infraestructura de la Facultad en Tequisquiapan, Qro. se amplió para conjuntar y optimizar en una sola sede un proyecto renovado de Centro de Enseñanza, Investigación y Extensión, el cual dio inicio con el traslado en el 2002 del antiguo CEIEPAG a Tequisquiapan, y en el 2004 del antiguo CEIPEBC, para quedar ambos fusionados oficialmente en el ahora CEIEPAA a partir del 2005. El predio La Presa se adquirió en 2008 a efecto de ampliar la infraestructura terrena del Centro.

Con apoyo de la Tesorería del Patronato de la UNAM se procedió a dotar al Centro de una infraestructura académica y productiva, para que el 3 de julio de 2007 fuesen inauguradas oficialmente las actuales instalaciones de la unidad académico-administrativa del CEIEPAA.