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Carretera Federal Tequisquiapan a Ezequiel Montes, km. 8.5. Municipio de Tequisquiapan, Querétaro. CP 76790.
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Hacia finales de la década de los noventas se vislumbraba una urgente necesidad de hallar una nueva ubicación para dos de los Centros de Enseñanza, Investigación y Extensión (CEIE) con que contaba la FMVZ; el de Producción Bovina y Caprina (CEIEPBC-Tepotzotlán) y el de Producción Agrícola y Ganadera (CEIEPAG-Chalco), dado que habían quedado inmersos geográficamente hablando dentro de un contexto absolutamente urbano, con las fuertes restricciones que ello implicaba al tener predios prácticamente ya en la ciudad, con la adicionada problemática del agotamiento de los pozos que suministraban agua a los mismos, y haber perdido un contexto pecuario regional.
Así entonces, en 1999 se obtuvo la cesión por parte de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público de un nuevo predio para la FMVZ con la Exhacienda de Santillán (predios La Pera y El Abono), en Tequisquiapan, Qro. Posteriormente en el 2001 se obtuvo la adquisición de dos predios contiguos a dicha propiedad mediante la compra del Rancho Valle San Juan y Rancho Cerro Partido, con lo cual la infraestructura de la Facultad en Tequisquiapan, Qro. se amplió para conjuntar y optimizar en una sola sede un proyecto renovado de Centro de Enseñanza, Investigación y Extensión, el cual dio inicio con el traslado en el 2002 del antiguo CEIEPAG a Tequisquiapan, y en el 2004 del antiguo CEIPEBC, para quedar ambos fusionados oficialmente en el ahora CEIEPAA a partir del 2005. El predio La Presa se adquirió en 2008 a efecto de ampliar la infraestructura terrena del Centro.
Con apoyo de la Tesorería del Patronato de la UNAM se procedió a dotar al Centro de una infraestructura académica y productiva, para que el 3 de julio de 2007 fuesen inauguradas oficialmente las actuales instalaciones de la unidad académico-administrativa del CEIEPAA.
Junto con los Departamentos Académicos de la FMVZ y la Secretaria de Medicina y Zootecnia realizar actividades de enseñanza, investigación y extensión de los aspectos técnicos, científicos y financieros de la producción ganadera lechera y cárnica de bovinos, cabras, borregos y ciervos rojos, y de la producción agrícola forrajera.
Impartir docencia a través de la oferta de cursos de licenciatura, posgrado y educación continua.
Implementar y difundir tecnología eficiente y validada de producción agrícola y ganadera, que coadyuve a la satisfacción de necesidades técnicas, económicas y ecológicas del país.
Informar a los departamentos relacionados con la producción agrícola y ganadera sobre el programa productivo del CEIEPAA, para su coordinación con la ejecución de prácticas escolares.
Atender a los estudiantes en las prácticas escolares sobre tópicos de la producción agrícola forrajera y ganadera lechera y cárnica de bovinos, cabras, borregos y cérvidos.
Desarrollar los programas de producción.
Conducir y/o asistir en la ejecución de proyectos de investigación aplicada a la resolución de problemas de la actividad ganadera y agrícola forrajera nacional.
Brindar servicios profesionales de diagnóstico en salud animal en la región a través de la USEDICO.