El Departamento surge como resultado de la fusión de los Departamentos de Zootecnia de Rumiantes y el de Clínica de Grandes Especies en 1978, formándose entonces el Departamento de Producción Animal: Rumiantes. En marzo de 1991 el Departamento toma bajo su responsabilidad las instalaciones del Centro Ovino ubicado en Topilejo, D.F.; creándose el Centro de Enseñanza Práctica, Investigación y Extensión en Rumiantes (CEPIER), mismo que en el año de 1997 pasa a ser responsabilidad de la Secretaría de Producción de la FMVZ y se convierte en el Centro de Enseñanza, Práctica e Investigación en Producción y Salud Animal (CEPIPSA). En el año 2009 el Departamento cambia su nombre al de Medicina y Zootecnia de Rumiantes y se ubica en la planta baja del Edificio 6 de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la Ciudad Universitaria.
El objetivo principal del Departamento es el de preparar personal altamente calificado en el área de clínica y zootecnia de rumiantes (bovinos, caprinos y ovinos), a través de una educación teórica y práctica de alta calidad. También promueve la difusión de los conocimientos en el área de los rumiantes a través de cursos de actualización y seminarios, material impreso y material audiovisual. Organiza anualmente la Semana de la Caprinocultura, la Semana de los Ovinos y las Jornadas Bovinas, donde se presentan temas de vanguardia y de interés general para la actualización de los profesionales del área.
El Departamento ofrece programas de Servicio Social y de Trabajo Profesional, contribuyendo así al desarrollo de habilidades y destrezas para la formación integral de los estudiantes.
Asimismo cuenta con el Centro de Enseñanza Diagnóstica en Bovinos (CEDEB) en la cuenca lechera de Tizayuca, Hidalgo.